Les truffes du désert sont des Ascomycètes classiquement reconnues comme des Discomycètes de l’ordre des Tubérales, ordre qui a toutefois été abandonné par divers auteurs et rattaché à celui des Pézizales (Korf, 1973b ; Trappe, 1979).
Des études d’ordre cytologique et ultrastructural, concernant les deux genres Tuber et Terfezia (Parguey-Leduc et al., 1981; Janex-Favre et al., 1985, 1988 ; Khabar et al., 1994) ont montré que les Tubérales diffèrent des Pézizales sur de nombreux points essentiels ; si elles dérivent probablement d’un ancêtre commun, elles ont dû évoluer séparément au sein des Discomycètes (Khabar et Amrani, 2004).
Trappe (1979) a transféré le genre Tirmania de la famille des Terfeziaceae à celle des Pezizaceae, il a également rejeté l’ordre des Tubérales et a rattaché les Terfeziaceae et les Tuberaceae à l’ordre des Pézizales.
Différentes classifications ont été suggérées par certains auteurs (Korf, 1973a ; Trappe, 1979), la plus récente est une classification phylogénétique par des méthodes de Biologie moléculaire (Diez et al., 2002 ; Laessoe et Hansen, 2007).
Dans la classification phylogénétique des Pézizales (Laessoe et Hansen, 2007), cet ordre comprend 06 familles : Pezizaceae, Helvellaceae, Tuberaceae, Morchellaceae/Discinaceae, Pyronemataceae et Carbomycetaceae (Tableau 1). Les deux genres Terfezia et Tirmania sont regroupés dans la famille des Pezizaceae (Fig.1).
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