- ارتفــاع تكلفــة الإنتــاج حیــث تحتــاج النباتــات الطبیــة والعطریــة إلــى عملیــات إضــافیة ومنهــا (عملیـات الجمـع ، التجفیـف ، التعبئــة ، تكـالیف إنـشاء وتجهیــز مناشـر التجفیـف ووحــدات اسـتخلاص الزیـوت العطریـة ….. وغیرهـا) ، بالإضـافة لارتفـاع إیجـار الأراضـى الزراعیـة
والأسمدة وغیرها . - عدم توافر الأیدى العاملة اللازمة لعملیات الجمع والتجفیف والتجهیز فى أماكن الإنتاج .
- عـدم تـوافر الأصـناف والـسلالات عالیـة الإنتـاج ممـا یـضطر المـزارع إلـى زراعـة الأصـناف المحلیة أو المتاحة أو استیراد هذه الأصناف مما یزید من تكلفة الإنتاج .
- انخفــاض نــسبة المــواد الفعالــة نتیجــة قلــة الخبــرة ، وعــدم معرفــة الاحتیاجــات المثلــى لهــذه النباتات من رى وتسمید ومقاومة الآفات وغیرها .
- ارتفـاع تكـالیف الإنتـاج عنـد زراعـة بعـض النباتـات الطبیـة والعطریـة فـى بیئـة مخالفـة لبیئـة النبـات الطبیعیـة حیـث یلجـأ المـزارع إلـى محاكـاة بیئـة الإنتـاج بالبیئـة الطبیعیـة ممـا یزیـد مـن تكالیف عملیة الإنتاج .